Seiya - Chevalier de Pégase - a sauvé de nombreuses fois la vie de la déesse Athéna. Et toutes les batailles qu’il a livrées, auprès de ses compagnons - les Chevaliers de Bronze - sont à présent nimbées d'une aura légendaire. Un jour, il y a longtemps, l'intrépide Seiya n'a pas non plus reculé devant Mars, Dieu de la Guerre et gardien féroce de la planète qui porte son nom. Seiya a vaincu Mars, l'a fait prisonnier tout en sauvant la vie d’un nourrisson - Koga - que Saori Kido - autre patronyme d’Athéna - a recueilli ensuite.
Mais c'était il y a longtemps déjà et Mars s'apprête à revenir sur le devant la scène... En compagnie d'autres jeunes Chevaliers arborant chacun un animal totem et de Koga, maintenant adolescent, Seiya, Yuna - Chevalier de l'Aigle, Haruto - du Loup et Soma - du Petit Lion se mettent en quête de la véritable Athéna disparue et sont ligués pour contrer l'abominable Mars.