Stargate Atlantis est une série de science-fiction retraçant la vie d'une petite communauté humaine échouée dans une galaxie lointaine. La découverte d'une porte dimensionnelle sur le continent de l'Antarctique, vraisemblablement laissée là par les mythiques "Anciens" avant leur départ définitif de la planète Terre, éveille toutes les curiosités et conduit à former une équipe de volontaires composée de scientifiques, de militaires et de médecins, pour un voyage sans retour.
Le portail téléporte instantanément les volontaires sur le monde d'Atlantis, dans la galaxie de Pégase. Une fois leur survie assurée et un premier campement établi, les hommes du major Sheppard ne vont pas tarder à se rendre compte que la planète compte d'autres portes, menant vers différents mondes de Pégase. L'exploration de la galaxie sera longue et périlleuse.