Amnésique et blessé, XIII est retrouvé sur la côte est des USA et est pourchassé par un commando. S'il ne sait pas qui il est, il apprend peu à peu qu'il dispose d'une condition physique exceptionnelle et qu'il sait manier les armes comme personne. Accusé d’avoir tué la présidente des Etats-Unis, il est emprisonné.

C'est alors qu'apparaît Irina, une jeune mercenaire qui a besoin de XIII pour déchiffrer un code. En échange de son aide, elle lui propose de lui offrir des informations sur son identité et son passé. XIII accepte alors pour tenter de comprendre qui il est et qui complote autour de lui.

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